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건전한 공익신고 문화 정착과 공익신고자를 보호하기 위해 탄생한 공익신고자 보호제도는 크게 비밀보장, 신변보호, 보호조치 등으로 구성되어 있습니다.

더불어 공익신고자 등의 보호와 관련하여 이 법을 우선 적용하지만, 다른 법률을 적용하는 것이 유리한 경우에는 그 법률을 적용하도록 하여 공익신고자 등이 두텁게 보호받을 수 있도록 하였습니다.

비밀보장은 공익신고자 보호의 첫걸음이자 가장 중요한 보호수단입니다. 공익신고자의 신원이 밝혀지지 않으면 이후 공익신고로 인한 불이익 발생 등을 사전 예방할 수 있기 때문입니다. 법 제12조는 누구든지 공익신고자 등의 동의 없이 인적사항이나 공익신고자 등임을 미루어 짐작할 수 있는 사실을 다른 사람에게 알려주거나 공개 또는 보도하는 것을 금지하고 있습니다.
또한 시행령 제13조는 조사기관(행정·감독기관) 등 모든 공익신고 기관은 공익신고의 접수·처리 등의 과정에서 공익신고자 등의 신분이 공익신고자 등의 동의 없이 공개되지 않도록 필요한 조치를 마련하도록 규정하고 있습니다.

공익신고자 등이나 그 친족·동거인이 공익신고 등을 이유로 피해를 입거나 입을 우려가 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 조사·형사 절차에서 「특정범죄신고자 등 보호법」이 준용됩니다.

공익신고 기관의 종사자 등은 조사 결과 공익침해행위가 발견되기 전에는 피신고자 인적사항 등을 포함한 신고내용을 공개할 수 없습니다. 허위 신고내용 등의 공개로 인하여 기업 등에 회복할 수 없는 손실이 발생하는 것을 예방하기 위한 목적입니다.

보호조치는 공익신고자 등이 공익신고 등으로 인하여 피해를 받지 않도록 하거나 이미 발생한 피해를 원상회복시키기 위한 제도로서 크게 불이익조치의 금지, 보호조치, 책임감면, 인사조치의 우선적 고려 등으로 구성되어 있습니다.

누구든지 공익신고자와 협조자 등에게 공익신고 및 공익신고자 보호조치 관련 조사·소송 등에서 진술·증언하거나 자료를 제공한 것을 이유로 어떠한 신분상·행정적·경제적 불이익조치 를 할 수 없도록 보장하고 있습니다.
이러한 불이익조치 금지의무를 위반한 사람은 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처해집니다.

공익신고자 등이 공익신고·공익신고자 보호조치 관련 조사·소송 등에서 진술·증언하거나 자료를 제공한 것을 이유로 불이익조치를 받은 때에는 국민권익위원회에 원상회복 등 필요한 보호조치를 신청할 수 있습니다.
공익신고 후에 발생한 불이익조치뿐만 아니라 공익신고 전 공익침해행위에 대한 증거자료의 수집 등 공익신고를 준비하다가 불이익조치를 받은 경우에도 이후 공익신고를 하였다면 국민권익위원회에 보호조치를 신청할 수 있습니다.

형의 감경 및 면제
공익신고 등을 함으로써 그와 관련된 자신의 범죄행위가 발견된 경우에는 형을 감경하거나 면제할 수 있도록 하였습니다.
징계의 감면
공익신고와 관련하여 발견된 위법행위 등을 이유로 공익신고자 등을 징계하는 경우 국민권익위원회는 징계권자에게 징계의 감경이나 면제를 요구할 수 있으며, 요구를 받은 자는 정당한 사유가 없는 한 이에 따라야 합니다.
직무상 비밀준수 의무 배제
법에 의한 공익신고인 경우 그 신고내용에 직무상 비밀이 포함되었더라도 다른 법령, 단체협약, 취업규칙 등에서 정하고 있는 직무상 비밀준수 의무를 위반하지 않은 것으로 봅니다. 따라서 「형법」등에서 금지하고 있는 법령에 의한 직무상 비밀을 누설한 경우에도 처벌을 받지 않습니다.

공익신고자등의 사용자 또는 인사권자는 공익신고자 등이 전직·전출·전입·파견근무 등 인사에 관한 조치를 요구하는 경우 그 요구내용이 타당하다고 인정할 때에는 이를 우선적으로 고려하여야 합니다.